VUE (Visual Understanding Environment) - софт для визуального структурирования данных. Такое ещё называют concept mapping software. Это _не_ mind mapping. Т.е. она более универсальная, не навязывающая определённую структуру. Платформы - Win, Mac, Linux (она на Java).

Что можно делать:

Создавать узлы содержащие текст, изображения, ссылки, файлы, тэги (причём, они могут быть вложены друг в друга).
Соединять узлы связями (связи могут содержать почти всё тоже самое).
Объединять узлы в группы (это независимо от вложенности узлов друг в друга)
Применять у узлам и связям стили (цвета, рамки, шрифт, тип линий и т.п.)

Помещать узлы и связи на разные слои, которые можно выключать, лочить и т.д.

Создавать маршруты по узлам (независимые от существующих связей) и проходить по ним вручную или автоматически. Применяется, к примеру, для презентаций.

Текст и изображения можно также вставлять не в рамках узлов и связей, а сами по себе. К примеру, для фона. Интересно, что даже такие изображения и тексты все равно можно связывать между собой связями.
При вставке изображений и файлов вставляются только ссылки на них. Однако, если сохранять в формат vpk, а не vue, то в vpk файле (обычный zip) окажутся и все ресурсы).

Умеет импортировать из CSV и XML, в т.ч. со связями (хотя и немного загадочно).

Последний релиз VUE был в мае 2013 года, т.е. она несколько подзаброшена. Хотя, с другой стороны, всё основное в ней есть и работает достаточно устойчиво.

Из замеченных недостатков:

- хотя изображения можно вставлять из файлов или перетаскивать с веба через drag'n'drop, однако невозможно сделать paste с clipboard (что логично, учитывая что он ссылки хранит).

- зум работает только с клавиатуры (хотя должен и с колесика мышки)